除了溶剂，一些被萃取物本身能吸收微波，故选用同样的溶剂，有微波辐照的提取和传统的提取，其提取选择性是不同的(即提出液所含成分不同)。实际应用中，微波协助萃取所用溶剂待实际考察。
微波在样品中的传播有反射性，故待提取样品的形状、粒度要影响对微波的吸收，加热效果。
微波进入样品后，能量被逐渐吸收，场强和功率要衰减，其衰减程度可用半功率穿透深度D1/2(功率减弱到表面处功率的一半时对应的距离)描述，
D1/2=3λ0 / (8.686π tanδ)
(式中，λ0为所用电磁波的波长， 为被辐射物的相对介电常数，Tanδ为损耗角正切)
Tanδ愈大，则D1/2愈小，故对于易吸收微波的被萃取物样品，用量不能太大，否则因半功率穿透深度小，中间的部分没有受到微波辐射，中间的部分是通过传统方式受热的。
由于存在微波功率衰减的问题，微波协助萃取时，微波功率选择得恰当亦很重要。选大了，浪费功率；选小了，样品加热不够，内部靠传统方式受热。
总之，要注意靠实验选择上述这些条件。
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